2014/09-2018/06 中山大学 生物科学本科
2018/09-2023/06 中山大学 病原生物学博士
2023/08-至今 中山大学 博士后
1. 应用方向：优选精子
① 通过设计微流控系统，实现上述单精子多模态信息的同时捕获。② 开发深度学习算法，将可无创获取的精子形态、行为、拉曼光谱的信息与染色质三维结构信息建立联系，评估精子的发育潜力。③ 开发新的精子优选装置和配套算法，实现单精子活体检测与分选，应用于临床实践中的父方归因和辅助生殖。
2. 理论方向：染色质高维结构介导的多基因协同调控
① 利用成像数据验证 ZGA 基因的聚集。② 利用我们开发的干扰多基因聚集的实验工具 NSIDE-editor 干扰 ZGA 基因的聚集，检测是否会导致胚胎阻滞。③ 已有研究表明重复序列与人类植入前胚胎阻滞密切相关，我们将进一步探究重复序列介导 ZGA 基因聚集和协同激活在进化上的起源与保守性。④ 进一步扩展该机制，探索不同细胞类型中多基因聚集的动态变化。⑤ 鉴定发育疾病细胞中特异的核空间多基因聚集，进行靶点预测和干预。
3. 技术方向：染色质三维结构相关的单细胞多组学技术与算法开发
整合 DNA 甲基化、RNA 修饰、DNA-RNA 互作等更多模态的信息，开发相应的整合算法，并将这些技术应用到解决实际的科学问题中：包括克隆效率提升、胎盘发育疾病、生殖隔离、染色质三维结构在进化上的起源等。
1. 组蛋白去甲基化酶 JMJD2 通过酶活非依赖的方式介导多基因聚集以调控干细胞命运，国家自然科学基金青年科学基金项目（C类）
2025 至 2027 年
2. 异常增强子-启动子互作加速非典型儿童早衰症的干细胞衰老，中国博士后科学基金第 74 批面上资助
2024 至 2025 年
3. 二细胞胚胎中非对称染色质三维结构调控第一次命运决定 广东省基础与应用基础研究基金自然科学，基金面上项目
2026 至 2028 年
1. Shaoshuai Jiang#, Xinyi Liu#, Zhuheng Zhang#, Mingzhu Yang#, Xing Zhu, Lin Ma, Longying Zhao, Xiaoru Ling, Ziqiang Zhou, Ziqiang Wu, Jiale Qu, Haochen Li, Jiawei Liang, Zhiheng Deng, Qi Tian, Xiaona Huang, Xianglin Huang, Jin Tan, Jun Sun, Jia Wang, Diana Guallar, Partha Pratim Das, Luca Pinello, Liang Wang, Hongfu Wu, Dong-feng Huang, Jichang Wang, Hancheng Lin, Jin Bai*, Lili Fan*, Wei Chi*, Xue Xiao*, Junjun Ding*. JMJD2 regulates enhancer-promoter interactions via biocondensate formation. Nature Genetics. 2026. 58(3):593-606.
2. Xinyi Liu#, Shaoshuai Jiang#, Lin Ma, Jiale Qu, Longying Zhao, Xing Zhu, Junjun Ding*. Time-dependent effect of 1,6-hexanediol on biomolecular condensates and 3D chromatin organization. Genome Biology. 2021. 22(1):230.
3. Wei Jin#, Shaoshuai Jiang#, Xinyi Liu#, Yi He#, Tuo Li, Jingchun Ma, Zhihong Chen, Xiaomei Lu, Xinguang Liu, Weinian Shou, Guoxiang Jin, Juntao Zhou*, Junjun Ding*. Disorganized chromatin hierarchy and stem cell aging in a male patient of atypical laminopathy-based progeria mandibuloacral dysplasia type A. Nature Communications. 2024. 15(1):10046.
4. Xinyi Liu#, Junjun Ding*. Breaking a chromatin domain boundary by deleting a single CTCF motif impacts development. Developmental Cell. 2025. 60(13):1811-1813.
5. Zibin Huang#, Xinyi Liu#, Junjun Ding*. A first-principles quantitative framework for how cohesin regulators shape chromatin loop extrusion. Cell Genomics. 2026. 6(3):101187.
6. Xinyi Liu#, Xiaoru Ling, Qi Tian, Zibin Huang, Junjun Ding*. Nuclear remodeling during cell fate transitions. Current Opinion in Genetics & Development. 2024. 90:102287.
7. Lili Fan#, Xinyi Liu#, Diana Guallar, Junjun Ding*. Chromatin 3D Structure, Phase Separation and Disease. Life Medicine. 2022. lnad010.
8. Xiaoru Ling#, Xinyi Liu#, Shaoshuai Jiang, Lili Fan, Junjun Ding*. The dynamics of three-dimensional chromatin organization and phase separation in cell fate transitions and diseases. Cell Regeneration. 2022. 11(1):42.
